Город возник на месте марийского посёлка Порат, входящего в Большепаратскую сотню. В 1865 году упоминается, как село Кабачищи (по названию участка пахотной земли паратских крестьян «Кабачищенские поляны»). С 1897 года посёлок носил название Паратский затон (Паратск), а с 1928 года — рабочий посёлок Зелёный Дол. В 1932 преобразован в город Зеленодольск.

С древних времён на этом месте марийцы занимались судостроительными работами, а с конца XIX века затон стал местом зимовки и ремонта речных судов, что положило начало Зеленодольскому судостроительному заводу (ныне Зеленодольский завод им. Горького).