Ивангород был основан как крепость в 1492 московским князем Иваном III Васильевичем и назван в его честь. В немецких документах конца XV века был известен как «контр-Нарва». Крепость Ивангород с мощными каменными стенами и десятью башнями — первое русское оборонительное сооружение с регулярным, прямоугольным планом (1492—1610).

В XVI веке Ивангород неоднократно подвергался нападениям со стороны немцев, шведов и поляков. В 1581—1590 (после Ливонской войны) и в 1612—1704 (в результате шведской интервенции начала XVII века в России) находился под властью шведов. В 1704 захвачен русскими войсками в ходе Великой Северной войны.

После окончания Северной войны военное значение Ивангородской крепости постепенно сошло на нет, а город утратил статус самостоятельного населённого пункта и стал считаться форштадтом (предместьем) Нарвы.

В 1920 году в соответствии с условиями Тартуского мирного договора Ивангород перешёл Эстонии.
После присоединения Эстонии к СССР в 1940 году город оставался в пределах административных границ новообразованной Эстонской ССР.

С 1941 года по 1944 год Ивангород был оккупирован нацистской Германией, подчиняясь администрации рейхскомиссариата Остланд.

В 1945 году включен в состав Кингисеппского района Ленинградской области РСФСР.

Установление границы между Эстонской ССР и РСФСР по реке Нарове (24 ноября 1944 года), вследствие чего Ивангород и Нарва оказались в разных союзных республиках, дало основание восстановить Ивангород в ранге самостоятельного населённого пункта. Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 20 декабря 1947 года Ивангород включён в учётные данные как рабочий посёлок, а Указом Президиума Верховного Совета РСФСР от 28 октября 1954 года рабочий посёлок был преобразован в город районного подчинения.

Указом Президиума Верховного Совета РФ от 17 февраля 1992 года Ивангород отнесён к категории городов областного подчинения.