Время возникновения населенного пункта на месте города точно не установлено. Село Морша существовало еще в XVI в. 16 сентября 1779 по именному указу Екатерины II Морша — центр хлебной торговли на Цне — преобразовано в город Моршанск, ставший уездным.

Расширялись, укреплялись рыночные связи. Важнейшей торговой магистралью служила Цна. Она была судоходна с Моршанска. С моршанских пристаней грузы на баржах отправлялись по рекам Мокше, Оке, Волге и далее по речным системам в Петербург, Рыбинск, Нижний Новгород, Москву, Муром.

За год из Моршанска вывозили до 14 млн пудов различных грузов: хлеб, муку, сало, кожу, скот, пеньку, махорку. Одновременно в Моршанск прибывали для переправки гужевым транспортом в южные уезды губернии камень, соль, разные фабричные изделия. Ежегодно для обслуживания цнинского водного пути под Моршанском сооружалось свыше сотни различных судов. На их постройке и перевозке грузов была занята целая армия наемных работников.

В XIX веке торговое значение города упало в связи со строительством железных дорог. В нем стала развиваться суконная и махорочная промышленность.

С историей города связано интересное событие русского строительства: в 1811—1812 гг. здесь, впервые в России, была передвинута на 42 аршина деревянная церковь крепостным механиком-самоучкой Дм. Петровым.

В годы ВОВ Моршанск не был подвергнут нападению немецких войск, однако являлся крупным центром производства махорки и табака, которые поставляли прямиком на фронт.