Местность по реке Шексне издавна называлась Пошехонье по старому названию реки — Шехонь, и до 1341 года входила в Ярославское княжество.
В XVII веке на месте современного города Пошехонье находилось село Пертома (финно-угорское название, по местоположению на реке Пертомке, впадающей в реку Согожу — приток Шексны). В нём с 1680 года размещалась воеводская канцелярия. Это время характеризуется следующей записью: «Пошехонский токмо уезд, а города не имеется».
В 1777 году указом Екатерины II село было переименовано в город Пошехонье и включено в состав Ярославского наместничества. Для усиления административной роли города здесь были открыты присутственные места, городской магистрат, ратуша и другие учреждения: земский, уездный, сиротский и словесный суды, полиция и тюремный острог.